Osnovna djelatnost Podružnice Robni terminali Zagreb je prihvat i skladištenje roba u unutarnjem i međunarodnom prometu.

Podružnica obavlja i druge djelatnosti, poput: iznajmljivanja uredskih prostora, usluge otpremništva i organizacije prijevoza, pretovar i prijevoz robe te kolodvorske usluge u teretnom prometu.

Djelatnost podružnice obavlja se u tri poslovne jedinice: Služba terminala Jankomir, Služba terminala Žitnjak te Slobodna zona Zagreb . Sve tri poslovne jedinice omogućuju tranzit roba kako u cestovnom tako i u željezničkom prometu jer sve tri poslovne jedinice imaju industrijski kolosijek.

Na lokacijama poslovnih jedinica Podružnice Robni terminali Zagreb na Jankomiru i Žitnjaku smješteni su i već više desetljeća posluju kamionski kolodvori za prihvat domaćeg i međunarodnog cestovnog teretnog prometa na glavnim ulazima u grad, te u funkciji potreba Carinarnice Zagreb (prihvat, parkiranje, carinski nadzor, pretovar/istovar i carinjenja vozila/tereta).

Također, unutar lokacija Podružnice nalaze se Carinski ured Zagreb 1 (Jankomir i Slobodna zona) te Carinski ured Zagreb 2 (Žitnjak), restorani kao i predstavništva mnogobrojnih otpremničkih i prijevozničkih poduzeća.